Успіх дебютного фільму і рекламних роликів Спайка привели до того, що він відкрив свій власний продакшн, який існує й дотепер. Завдяки цьому Спайк став дійсно незалежним автором, готовий реалізувати навіть не найпопулярніший проект. Таким проектом став «Роби як треба» – третій фільм режисера і його перший шедевр. Відразу ж після прем’єри на Каннському кінофестивалі 1989 року стрічка розділила критиків на два табори. Роджер Еберт назвав його одним із найкращих фільмів десятиліття, інші ж були не в захваті (Золота пальмова гілка відійшла Стівену Содербергу за «Секс, брехню і відеоплівку»). Та після прем’єри в США фільм розділив ледь не всю країну: одні вважали фільм «культурною подією», інші ж переймалися, що він може викликати масові заворушення. «Роби як треба» номінували на два «Оскари» (за найкращу чоловічу роль другого плану і найкращий оригінальний сценарій), але до номінації на за Найкращий фільм року справа і не дійшла. Натомість на «Оскарі» 1990 року переміг фільм із абсолютно протилежною ідеєю – «Шофер Міс Дейзі» про доброчесного чорного шофера літньої білої пані. Але де втратиш, там і знайдеш: того ж року молодий Дензел Вашингтон виграв свій перший «Оскар» за найкращу чоловічу роль другого плану. В майбутньому дует Лі-Вашингтон подарує нам іще багато незабутніх робіт.

Першою з них став фільм, частково заснований на дитинстві Лі і розповідях його батька про богемне життя музикантів у 60-х – «Блюз про краще життя». Ні політичного висловлювання, ні абиякої любовної лінії, ні чіткої мотивації персонажів у режисера вибудувати не вийшло, однак до гри Вашингтона і джазового музичного супроводу (за яке відповідав Бренфорд Марсаліс) важко висунути будь-які претензії. Другою спільною роботою дуету став біографічний «Малкольм Ікс» – епічний тригодинний фільм про радикального афроамериканського активіста, що боровся за права свого народу. Коли Спайк Лі дізнався, що Warner Bros. збираються зняти про Малкольма фільм, він негайно зв’язався зі студією і домігся того, щоб його призначили режисером. «Хто, як не чорний, може зняти фільм про Малькольма Ікс?», – справедливо вважав Спайк (і мав рацію). Величезний бюджет у 33 мільйони доларів був зібраний завдяки друзям режисера, серед яких Майкл Джордан, Опра, Принц і Джанет Джексон. У боротьбі з великою студією Спайк Лі вийшов переможцем: його фільм потрапив в основний конкурс Берлінале, а Вашингтон отримав свого «Медведя» за найкращу чоловічу роль.

Після автобіографічного «Крукліна», Спайк повертається до своїх основних тем – місця афроамериканців в сучасному суспільстві, боротьби зі стереотипами й міжрасовою ненавистю та критики сучасної політики США. У «Штовхачах» (які спродюсував Мартін Скорсезе) він розповідає про боротьбу дрібного бруклінського драгдилера із продажними і жорстокими поліцейськими. Це був такий собі зріз життя Нью-Йорка 90-х: бруклінське гетто, розквіт хіп-хопу, «штовхачі» і копи на кожному кроці – сравдешнє свято насильства. У номінованому на «Оскар» короткометражному фільмі «4 маленькі дівчинки» Лі відтворює події 1963 року, коли угруповання Ку-Клукс-Клан підірвало баптистську церкву. В результаті теракту загинули чотири маленькі дівчинки. У «Get on the Bus» режисер згадує події Маршу мільйону чоловіків, а у «25-й годині» – Нью-Йорк після трагедії 11-го вересня.

Насильство у місті досягає апогею у «Кривавому літі Сема», заснованому на реальній історії моторошного вбивці Сина Сема, який скоїв ряд убивств аномально спекотним літом 1977 року. Один з останніх фільмів Лі – «Чи-рак» – став далеко не найкращою спробою поговорити про насильство і кланові війни в гетто. Лі звернувся до давньогрецької трагедії («Лісістрата» Арістофана), та це вийшло у нього непереконливо і відсторонено. Минулі його фільми ставали особливими саме завдяки вмінню зловити актуальний момент і дати можливість глядачеві зрозуміти будь-кого з персонажів. У 2018 році на екрани вийде «Чорний кланівець» – чергова реальна історія про чорного копа, що став членом Ку-Клукс-Клану. Головні ролі зіграють Джон Девід Вашингтон (син Дензела) і Адам Драйвер, а серед продюсерів зазначено ім’я Джордана Піла.